亚瑟再次回到迷你王国，却发现月光下出现了更邪恶的恶魔，企图毁灭两个世界。
亚瑟成功从迷你王国回到现实世界后，一直在思念公主塞琳娜。然而，迷你王国再次遇到危机：一个叫“魔都”的黑暗帝国从月光下的阴影中崛起，他们的首领马塔扎德想利用亚瑟人类的身份，打开通往现实世界的大门，统治人类。亚瑟必须再次缩小，联合迷你王国的朋友们，进入魔都的领地，摧毁马塔扎德利用人类科技制造的巨型机器人。最终亚瑟在祖父的帮助下，运用智慧而不是暴力，关上了空间之门，保住了和平。
相比第一部，这一部的想象力更加天马行空，将人类世界的日常物品与微观世界的战斗结合得更有创意。虽然剧情略低幼，但特效精美，色彩鲜艳。反派马塔扎德的设计充满了哥特式美感，为影片增加了一丝黑色童话的气质。
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